Autrefois Huesmes ou Yesmes ou Villare, Villiers le Morhier doit son nom à la famille de Morier ou Mohyer, seigneurs de Villiers, dont les fils des différentes générations furent tour à tour chevaliers de l’ordre du temple et moines. Dans les textes les plus anciens, ils portent souvent le nom de latin de « Moreherius ». Autant qu’il nous ait possible de remonter dans l’histoire, le premier Morhier fait son apparition vers 1100, pendant le Haut Moyen âge.
Au XIIIème siècle, la paroisse s’est constituée autour du vocable de Saint Étienne dont on peut penser qu’il s’agit d’Étienne Harding, troisième abbé de Cîteaux, compagnon de route des Morhier. C’est à cette même époque que les frères Morhier, Aimeric et Garnier, partis en Croisade, se font remarquer par Saint-Louis en ramenant de Jérusalem, le reliquaire de la Sainte Croix. En récompense, celui-ci érige la terre de Villiers le Morhier en Marquisat. La devise de la famille devient : « Dieu y pourvoit ».
En 1330, Philippe Morhier, alors chanoine de Chartres, fait bâtir la chapelle Saint Thomas de Canterbury, autre saint anglais (rappelons à ce propos que tout ce coin de Beauce était alors rattaché à la couronne d’Angleterre).
En décembre 1422, Simon Morhier est ordonné Prévôt de Paris par le Duc de Bedford.
Sous Louis XIV, alors que la construction de l’aqueduc de Maintenon bat son plein, d’importants travaux sont entrepris sur la Drouette et l’Eure pour les rendre navigables et faciliter ainsi l’acheminement des grès d’Épernon. L’histoire relate alors de nombreux accrochages et démêlés entre les Morhier, leurs soldats et serviteurs et la prévôté de Chartres, ceux-ci ayant tenté d’instaurer un droit de péage concernant la navigation sur l’Eure.
Malheureusement pour eux, la seigneurie de Villiers devient possession de la famille de Noailles en 1716.
En 1861, Villiers comptait 598 âmes réparties sur les hameaux du Bas-Bourray, de Chandelles, de Sainte Joie, de la Malmaison, de la Tournachère et de Chenicourt.
Aujourd’hui nous sommes 1.400 habitants (INSEE 2020).
